Lista delle segnature di tutti i codici, divisa secondo le partizioni maggiori. In alcuni casi all'interno degli elenchi sono state aggiunte annotazioni essenziali, separate dalla segnatura mediante il segno ":".
L'ultima parte della segnatura è costituita per ogni codice dalla collocazione fisica stabilita nel 1904, o nel corso delle acquisizioni successive (Vedi anche la Tabella delle concordanze)
- Codici Greci. Fondo Antico
- Codici Greci. Appendice, divisa nelle seguenti classi:
- Codici Latini.Fondo Antico
- Codici Latini. Appendice, divisa nelle seguenti classi:
- I: Biblia sacra et interpretes (lat.)
- II: Patres et scriptores ecclesiastici (lat.)
- III: Theologi
- IV: Concilia et ius canonicum
- V: Ius civile
- VI: Philosophi
- VII: Medici
- VIII: Matematici et astronomi
- IX: Historia ecclesiastica
- X: Historia profana
- XI: Rhetores
- XII: Poetae
- XIII: Philologi et grammatici
- XIV: Miscellanea (lat.)
- Codici Italiani.Fondo Antico
- Codici Italiani. Appendice, divisa nelle seguenti classi:
- I: Bibbia e scrittori ecclesiastici
- II: Giurisprudenza e filosofia
- III: Medicina e storia naturale
- IV: Matematica, arti del disegno e musica
- V: Storia ecclesiastica
- VI: Storia civile e geografia
- VII: Storia ecclesiastica e civile veneziana
- VIII: Oratori
- IX: Poeti
- X: Grammatici, filologi ed epistolografi
- XI: Miscellanea (it.)
- Codici "Francesi". Fondo Antico
- Codici "Stranieri". Appendice
- Codici "Orientali"
- Fondo "Riservati"
- Fondo "Archivio Morelliano"