Secondo la tradizione, il convento è stato fondato dallo stesso S. Francesco che nel 1213 in viaggio da Assisi si fermò a Stroncone  per pregare davanti all'edicola dedicata alla Madonna. Un'altra ipotesi sostiene che l'edificio sia stato eretto dopo la morte del Santo. Oltre al convento anche la biblioteca, tra le più ricche di argomento francescano in Umbria, fu coinvolta dai successivi ampliamenti dell'edificio. La biblioteca risulta dispersa; alcuni libri sono stati rintracciati nella Bibliothèque municipale de Lyon, nella Pennsylvania University library, e nella Biblioteca Casanatense di Roma (ms. 3898) e tre libri alla biblioteca del Convento dell'Osservanza di Bologna. Cfr.: C. Delcorno, La tradizione delle 'Vite di Santi Padri', Venezia 2000; Bibliotheca franciscana. Gli incunaboli e le cinquecentine dei Frati Minori dell'Emilia-Romagna conservate presso il Convento dell'Osservanza di Bologna, a cura di Z. Zanardi, Firenze 1999, pp. 4, 107, 176.